《口袋妖怪：究極綠寶石3》是一款玩家自制以究極綠寶石為背景的動作冒險游戲，玩家在游戲中可以操控你的角色捕捉不同類型的精靈寶可夢，打敗所有訓練家成為冠軍。
因父親在豐緣地區任職道館館主而從城都地區搬來的主角，在未白鎮與寶可夢博士小田卷的孩子一同踏上了旅行。冒險途中，主角遇到了想要擴大海洋的海洋隊和想要擴大陸地的熔巖隊。熔巖隊老大赤焰松用朱紅色寶珠釋放了固拉多，但卻未能成功控制。為了控制固拉多并滿足自己擴大陸地的野心，熔巖隊嘗試搶奪綠嶺宇宙中心的火箭燃料，并利用它們讓煙囪山噴發。然而一波未平，一波又起。
在主角和大吾一同成功控制了綠嶺宇宙中心的局面后，海洋隊老大水梧桐在海底洞窟用靛藍色寶珠喚醒了蓋歐卡。固拉多和蓋歐卡的爭斗引起了豐緣地區東部海洋天氣陷入異常，時而烈焰當空，時而狂風暴雨。為了平息固拉多和蓋歐卡的爭斗，主角需要前往天空之柱喚醒烈空坐并尋求它的幫助。主角能否力挽狂瀾，平息超古代寶可夢所帶來的災難，并到達彩幽市的寶可夢聯盟，成為新一代的冠軍呢？
1號技能機~90號技能機在水靜市百貨商店有賣
No.91光柵加農：126航道左下角潛水；
No.92戲法空間：綠嶺市宇宙中心下方；
No.93瘋狂伏特：新紫堇開關處附近；
No.94秘密之力：111道路一個男孩對話；
No.95大聲咆哮：103道路剛開始勁敵站的地方右邊砍樹；
No.96自然之力：橙華道館上方；
No.97惡之波動：天氣研究所上方；
No.98增強機：106航道某處陸地；
No.99魔法閃耀：飛行道館上方；
No.100蜜語：凱那市集市左上角。
1、全國圖鑒不需要通信即可獲得。
2、由于源代碼使用《火紅／葉綠》修改，因此游戲的繪圖和建筑與《紅寶石／藍寶石》有些許差異。
3、《綠寶石》包含《火紅／葉綠》的所有道具數據，以防止出現《紅寶石／藍寶石》因無《火紅／葉綠》新增道具而引發崩潰的問題。
4、增加同《火紅／葉綠》一樣的無線聯機功能，以及無線聯機游戲的游戲角。
5、所有的寶可夢都有了動畫。
6、可以與所有道館館主再戰，且可以進行雙打對戰。
1、游戲安裝運行的時候出現缺少dll、內存不能讀、配置不正確等，請下載對應的單機游戲常用插件運行庫。
2、游戲可能被某些殺毒軟件提示，部分報毒與破解漢化有關，請謹慎下載。
