《史詩幻想3》的故事發生在《史詩幻想2》完結后的幾年，兩位主角結識了新伙伴（貌似是不打不相識），三人組隊成為了寶物獵人。某天他們發現了一古墓，里面的東西（Akron）看似還活著，主角們好奇地戳了他一下，Akron突然醒來，發出強大的震蕩波將主角們震懾住了，并開始吸收他們的能量。幸好主角們能量過剩，沒被吸完，醒來后發現自己在一個陌生的地方，于是他們開始了尋找裝備和復仇(?)的旅程……

游戲完成后，可以重新游戲，此時可以選擇繼承裝備、等級等，而且永久屬性的食物也能再拿一次。但是如此做難度便不能更換，想換難度就一切重來吧……怪物圖鑒和成就是保留的。

考慮到這里有幼齡茶葉，特此提示：游戲有部分細節比較邪惡，請幼齡茶葉們保持正確的心態看待這些內容。